经过这场激烈的辩论，秦孝公的疑虑被打消了，信心十足地支持商鞅的主张。公元前359年，孝公正式拜商鞅为左庶长，在他的主持下，变法雷厉风行地展开了。

商鞅变法是分两次进行的。

第一次变法开始于秦孝公三年(公元前359年)，主要内容有以下几点：

编制户籍，实行连坐之法。为了适应社会变革的需要，商鞅首先整顿了献公时实行的“为户籍相佐”的户口法，改行“什伍制”。即五家为“伍”，两伍为“什”，每伍中的各户彼此监视，互相纠察。“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏；匿奸者与降敌同罚”(《史记·商君列传》)。商鞅采取这一措施，是为进一步稳定社会秩序，为实现变法创造一个良好的社会环境。

废止聚族而居的旧俗，推行小家庭制。凡民户有两个以上男子到了自立的年龄定要分居，女子到一定年龄也必须出嫁，否则加倍征收赋税。富家子弟到壮年，则分出成家立业。贫家子弟到成年，则被招作赘婿。扶植一家一户的个体小生产，调动他们的生产积极性，目的是发展农业生产，增加社会财富。

颁布重农抑商的政策，奖励耕田纺织。商鞅认为农业为“本业”，手工业和商业为“末业”。国家要富强，必须抓农业生产。而一些农民弃农经商，或从事手工业生产，“事商贾，为技艺，皆以避农战”(《商君书·农战篇》)，都是为了躲避农业生产和服兵役。商鞅规定：凡努力从事农业生产，多缴纳粮食布帛的，免除本身的徭役；凡弃农经商及因懒惰以致贫穷的，全家一并没为官府奴婢。用加重关市商税的办法，迫使商人弃商归农。用奖惩的手段来加速农业生产的发展。

重奖军功，制定二十级爵位。商鞅鼓励为国作战，凡立有军功的，各按其功劳大小，授予不同的爵位。为了表彰奖励有功于国家的官吏将士，重新确立了二十级爵，名称分别为：(一)公士、(二)上造、(三)簪袅、(四)不更、(五)大夫、(六)官大夫、(七)公大夫、(八)公乘、(九)五大夫、(十)左庶长、(十一)右庶长、(十二)左更、(十三)中更、(十四)右更、(十五)少上造、(十六)大上造(即大良造)、(十七)驷车庶长、(十八)大庶长、(十九)关内侯、(二十)彻侯(《汉书·百官公卿表》)。按照爵位的高低，决定占有田宅、奴婢的多少和服饰的等次。如在战斗中斩获敌首一个，授爵一级，赐田百亩，宅九亩，可作相当50石俸禄的官；斩敌首两个，赏爵二级，田宅地增加，可作相当百石俸禄的官。军功大的，还可给予封邑。宗室贵族无军功的，剥夺他们的爵位。有功者，可享受荣华富贵；无功者，即使家资富有，也不许铺张。对于非为国家的“私斗”行为，各视情节轻重，严惩不贷。

第二次变法在秦孝公十二年(公元前350年)，这时秦国已迁都咸阳(今陕西咸阳东北)。再次下令变法，主要内容有：

禁止父子兄弟同室居住。这是第一次变法实行小家庭制的继续和深入。针对戎狄等民族间“父子兄弟同室内息”的习俗，进一步改革聚族而居，分门立户，以便增殖人口，适应耕战的需要。

废除井田制，开阡陌封疆，承认土地私有制，允许土地买卖。这是商鞅变法的重要内容。早先，奴隶社会的秦国土地所有制是国有性质的爰〔yuan员〕田制。这种土地制度随着封建经济因素的增长，逐渐遭到破坏。秦简公时已实行初步调整，动摇了井田制。商鞅二次变法，宣布“开阡陌封疆”，是彻底取消奴隶社会土地所有形式井田制，普遍推行封建土地私有制，扩大了封建经济基础。

设置分县制，加强中央对地方的统治。具体办法：废除西周的分封制，划分若干乡邑聚为31县；县设令、丞，掌管政事；设置尉负责军事。县成为秦政府地方政权的基本组织形式。县令、县丞等主要官吏由朝廷直接任免。县制的普遍设立，为建立地主阶级的中央集权统治打下了基础。

统一度量衡。秦在变法前，赋税的征收不统一，度量衡器也不一致。为了保证国家财政收入，政府制定了统一的标准度量衡器，整齐划一斗、桶、权、衡、丈、尺。其标准量器一升合今0.2公升，标准尺一尺合今0.23米。现存于世的“商鞅方升”，就是当时颁布的一件标准量器。这些措施的实行，有利地促进了全国经济的交流和发展。

第一次变法时，法令已陆续制定完备，但并未马上布告天下。商鞅担心法令公布后老百姓会产生怀疑，不信任自己。那么，如何取信于民，让人们树立有法必依、立法必行的观念呢？商鞅苦思冥想，终于找到了一个办法。

一天，商鞅派人在都市的南门竖起了一根三丈长的大木头。人们好奇地围拢过来，人越聚越多。商鞅当众宣布：“谁能把这根木头搬移到北门，就赏给他十金！”搬一根木头就给十金？在场的人都感到很新鲜，相互看看，没有一个人动。商鞅又高声说：“能够搬走的，赏50金！”重赏之下必有勇夫，一个男子将这根木头扛到了北门。商鞅立即当众给了他50金，以实际的行动证明了自己言行一致，决不食言。这就是商鞅“徙木赏金”的故事。

在这样的形势下，变法便在全国迅速开展起来。