《阿凡达2》的剧情承接自初代的5年之后。曾经的地球残疾军人杰克·萨利，如今已经是潘多拉星球纳美族一方部族的族长，并且与爱妻娜塔莉共同育有一对可爱的儿女，日子过得平淡而充实。一个清冷的雨夜，杰克忽然回想起他过去的人类生活，那些来到潘多拉之前的日日夜夜。那个时候的地球，生态环境已经因为人类的种种破坏而濒临崩溃，各种大小天灾接连不断，必须依靠去外星强取豪夺各类资源才能勉强维持生存，而潘多拉星球的宝贵矿产和自然资源，也许是能够挽救地球的重要力量，更是他们觊觎已久的对象。此时的杰克心里十分清楚，想要人类放弃征服潘多拉的计划是不可能的，必须随时保持高度的警惕。就在这时，有手下人跑来告诉他，有个部族的兄弟在海岸附近巡逻时遭到利器割喉身亡。通过现场勘查，以及作为前海军陆战队员的敏锐直觉，杰克判断已经有人类的阿凡达混入了部落。然而娜塔莉告诉他这是不可能的，因为阿凡达身上的气味与一般纳美人的气味大相径庭，如果是阿凡达混了进来应该早就被察觉了。但是杰克深信自己的直觉，他知道以现今地球科学家的技术水准，经过几年的发展培育出与纳美人毫无二致的阿凡达也并非不可能的事。何况利刃割喉的手法，很像杰克过去接受...
